O Centro Universitário Santo Agostinho começou em 5 de outubro de 1998, em Teresina (PI), como Faculdade Santo Agostinho – FSA. Voltado para a formação de sujeitos críticos e conscientes da importância de sua ação na sociedade, o UNIFSA iniciou suas atividades no Campus São João. Em 1998, a instituição lançou o seu primeiro vestibular para os cursos de Psicologia – Formação de Psicólogo – e de Ciências Econômicas, no qual foram oferecidas 160 vagas, disputadas por 548 candidatos.

Em 2000, a FSA promoveu a primeira Jornada de Psicologia, reunindo importantes nomes da Psicologia no Brasil. Foi o primeiro de uma série de grandes eventos que marcaram a história do curso.

Em 2002, mais mudanças na estrutura da Faculdade Santo Agostinho, ano marcado por um novo ciclo de expansão. A instituição lançou dois novos cursos: Direito e Normal Superior,   com um currículo destinado à formação de professores em duas habilitações – Educação Infantil e Anos Iniciais do Ensino Fundamental. Para gerir o curso Normal Superior, foi criado o Instituto Superior de Educação Santo Agostinho. Para atender a mais esta  demanda, a FSA abriu o seu segundo campus, localizado no bairro Piçarra. Já o curso de Administração começou a funcionar no Campus Centro. Naquele ano, a Instituição começou a construir, no campus da Avenida Kennedy, o Serviço Escola de Psicologia (SEP), destinado à prática da Psicologia Clínica pelos estudantes do curso de Psicologia.

No segundo semestre de 2003, para atender à necessidade de crescimento, a FSA reuniu todos os cursos em um só campus, situado no bairro São Pedro. A nova sede representou um ganho significativo no plano das relações interpessoais, ajudando na promoção de um clima fraterno, solidário e humanista, fundamental para o estabelecimento de resultados positivos no processo ensino-aprendizagem.
Neste ano, também, a FSA assume-se como uma instituição orientada para a pesquisa, fator determinante para o desenvolvimento de um ensino consistente e base indispensável para a inovação e o progresso tecnológico: em outubro, durante a semana de comemoração dos 5 anos da FSA, a instituição promove a sua primeira Semana da Pesquisa Científica, com o objetivo de estimular a produção de conhecimento nas mais diversas áreas.

Em fevereiro de 2004, é inaugurado o Juizado Especial Cível e Criminal, anexo São Pedro, instalado na FSA por meio de uma parceria com o Tribunal de Justiça do Estado do Piauí. Desde então, o Juizado vem prestando relevante auxílio a toda população da Zona Centro e Sul. Nesse ano, também começa a funcionar a Rádio Vitrine, projeto de extensão do curso de Jornalismo. Espaço destinado à prática das disciplinas de Radiojornalismo, a Rádio Vitrine também constituiu um espaço importante de socialização e para a prática dos fundamentos obtidos em sala de aula. Em 2004 e 2005, a equipe da Rádio Vitrine realiza o Festival de Música Universitária, cujo objetivo era descobrir novos talentos. Em outubro de 2004, a FSA firma convênio com a Secretaria da Fazenda para a implantação do curso de Educação Fiscal direcionado à comunidade acadêmica. O curso visa sensibilizar os alunos sobre a importância dos tributos no Estado.
Em 2004, é lançada a primeira publicação científica da Instituição, a Revista FSA, com a produção de professores e alunos da FSA e pesquisadores de outras IES. O curso de Ciências Contábeis é reconhecido pelo MEC com conceito máximo.